愛知・名古屋アジア大会では、国旗・国歌の不手際をはじめ、選手の移動トラブルや会場設備の不具合など、大会運営に関する問題が複数発生し、参加国や各競技団体から多くの抗議が寄せられた。
主な運営トラブルをカテゴリ別に以下にまとめる。
1. 国旗・国歌（国家の象徴）に関する問題
発生事案 内容と詳細
・北朝鮮国歌の誤演奏：男子ホッケー（韓国対日本戦前）にて、韓国国歌のかわりに誤って北朝鮮国歌が演奏された。韓国選手団から厳重抗議を受け、組織委が公式謝罪。
・韓国国旗の掲揚不備：男子サッカー表彰式（韓国優勝）の国歌演奏時、最上部まで上がるはずの太極旗（韓国国旗）が途中で停止した。
国名・表記の誤記：大会公式案内や各種掲示物において、参加国・地域の名称表記や旗のサイズ・仕様に関する不備が指摘された。
2. 輸送・アクセスに関する混乱
• 選手用輸送バスの大幅遅延：交通規制の不徹底やドライバーのルート不慣れにより、練習場や競技会場への選手輸送バスが大幅に遅れる事態が頻発。
• ウォーミングアップ時間の不足：バスの遅延に伴い、選手が試合直前に会場に到着し、十分な準備運動ができないまま競技に臨む事案が発生した。
• 配車手配のミス・手配漏れ：一部の競技・チームにおいて、事前に指定されていた時間帯に車両が配置されない配車トラブルが起きた。
3. 競技運営・会場設備に関するトラブル
• 会場設備の不具合（照明・音響）：一部競技会場において、試合中や練習中に照明設備が一時暗転するトラブルや、場内アナウンスの音響障害が発生。
• 競技機材の準備遅延：一部種目で公式機材の搬入・設営作業が直前までずれ込み、練習スケジュールの変更を余儀なくされた。
• 進行スジュールの不整合：輸送遅延等と連動して、試合開始時刻の急な変更や案内不足が生じた。
4. 選手村および受け入れ態勢の不備
• 選手村でのサービス不満：部屋のアメニティ補給や清掃の遅れ、通信（Wi-Fi）環境の不安定さなどが一部選手団から報告された。
• ボランティア・スタッフ間の連携不足：情報伝達の遅れにより、現場スタッフでの案内や対応にバラつきが生じた。
トラブル発生後の主な影響
大韓体育会（KSOC）をはじめとする複数の選手団が組織委員会（AINAGOC）に対して抗議文書を提出し、ユ・スンミン大韓体育会会長が「史上最も多く抗議した大会」と言及するなど、国際的な大会信頼度に大きな課題を残すこととなった。
これに対し組織委は、各種不手際について認めて公式謝罪を行うとともに、運用マニュアルの検証と再発防止策の取りまとめを行った。