海保は既にヘリ基地反対協議会も家宅捜索しているが、その状況は
海上保安庁（第11管区海上保安本部）が、2026年3月16日の転覆事故直後から、船を運航していた市民団体「ヘリ基地反対協議会」に対して強制捜査（家宅捜索）を進めている。
これまでの捜索状況や捜査のポイント、団体の対応は以下の通り。
1. 家宅捜索の実施（2026年3月20日）
事故発生から4日後の3月20日午前、海上保安庁は業務上過失致死傷および業務上過失往来危険の疑いで、沖縄県名護市内にあるヘリ基地反対協議会の事務所など関係先2か所を強制捜査した。 約2時間にわたる捜索により、当日の航海計画書、関係書類、運航・安全管理に関する資料などを押収した。
2. 海保が追及している主な容疑・捜査項目
• 悪天候下の出航・運航判断：
事故当日は名護市沿岸等に波浪注意報が出されていた。高波が予想される状況下で生徒らを乗せて出航させた判断や、航路選択に業務上の過失がなかったかを検証している。
事故を起こした「平和丸」および「不屈」の2隻について、他人の求めに応じて乗客を運送する事業に必要な法的登録を行わずに運航していた疑い（無許可・無届での旅客運送）についても捜査が進められている。
• 乗組員への事情聴取と現場検証：
「平和丸」の船長や乗組員らに対し任意での事情聴取を行うとともに、船体の損壊状況や救命具（ライフジャケット）の使用状況について調査している。
3. 遺族による刑事告訴（2026年7月）
7月に入り、事故で亡くなった女子生徒の遺族が海上保安庁に告訴状を提出し、受理された。 告訴対象となった11人のうち、7人はヘリ基地反対協議会の共同代表や当日の船長・乗組員らであり、学校関係者（校長や引率教員ら4人）とともに、協議会幹部らの刑事責任も本格的に問われる局面に至っている。
4. ヘリ基地反対協議会側の対応
• 捜査への全面協力：協議会側は声明を発表し、海上保安庁による強制捜査および実態解明には全面的に協力する姿勢を示してはいる。
• 運航体制の見直し：今後の活動における船の運航や安全管理手法について、根本的な見直しを行うとしている。
• 行政側の動きへの反発： 一方で、内閣府沖縄総合事務局などによる事故後の情報収集・聴取に対しては「政治的な意図がある」として説明を求める抗議申し入れを行う動きも見せている。
この手の事件は起訴に至るまでに１年程かかる場合が多いから、大きな動きが出るまでは時間が掛かるだろう。